Das Tenshinshō Jigenryu （天眞正自源流）hat seine Wurzeln in einem der ältesten Schwertkünste Japans, das Kashima no tachi （鹿島之太刀）. Der Kashima-Schrein （鹿島神宮）ist zusammen mit dem Katori-Schrein （香取神宮）einer der beiden Schreine, die zur Besiedelungszeit Japans durch die Vorfahren der heutigen Japaner an der nördlichen Grenze des noch jungen Landes errichtet wurden. Diese beiden Schreine bildeten Rückzugsorte für jene Samurai, die in den Grenzgebieten zur Sicherung und Eroberung abgestellt waren, einen Ort an dem sie ihre kämpferischen Fähigkeiten pflegen konnten. Durch diese Tradition entstanden die Kashima Koryu （鹿島古流）am Kashima-Schrein und die Tenshinshōden Katori Shintō-ryu （天眞正伝香取神道流）am Katori Schrein. Eine dieser Kashima Koryu, Hakugeryu （白源流）genannt und gegründet von Jigensai Kazutou Jiichibou (自源斎一任自一坊), bildet den Vorläufer der heutigen Jigenryu. Noch heute weist der Titel der Jigenryu, Tenshinshō, auf den Ursprung der Schule in der Tradition des Kashima-Schreines hin.

Gegründet wurde das Jigenryu von Setoguchi Bizennokami Masamoto (瀬戸口備前守政基), im Jahre 1518 nach dem Erlernen der Hakugenryu, Kashima-shichiryu（鹿島七流）, Tsukumokamiryu（九十九神流） und der Tenshinryu（天眞流）.   Dieser erlangte bekanntheit, nachdem er bei einem offiziellen Duell am Hofe der Daimyō-Familie der Provinz Satsuma, den Shimazu, einen Vertreter der Taisharyu besiegte und folglich zum offiziellen Ausbilder der Samurai der Provinz in den Kriegskünsten ernannt wurde. Dieser Status als offizieller Stil der Provinz Satsuma blieb dem Tenshinshō Jigenryu bis zur Auflösung des Standes der Samurai im Rahmen der Meiji-Restauration im Jahre 1868 erhalten.

Auch nach der Meiji-Restauration blieb die Jigenryu in Satsuma, von dem Zeitpunkt ab die heutige Präfektur Kagoshima, erhalten. Im Jahre 1964 gründete der 27. Sōke (Großmeister), Ueno Genshin（上野源心）, das Shōbukan Dōjō in Asakusa, Tōkyō, womit zum ersten mal in seiner Geschichte das Jigenryu außerhalb von Satsuma und öffentlich für jedermann zugänglich wurde.

Nach dem Tod seines Vaters nahm Ueno Kagenori （上野景範）den Titel des 28.Sōke an, bis er ihn an seinen jüngeren Bruder, Ueno Dōshin（上野童心）, den 29. und aktuellen Sōke, abgab.